至于第二阶段的话，因为团结土司，改流停滞。

1942年，设治局新旧局长在交接之际，腾龙沦陷，二人弃职离境。

土司龚统政在衙门设置总务科专管设治局原办事务.。

8月，第十一集团军总司令宋希濂委预备第二师司令部参议封维德为梁河设治局长，封到局视事，在大厂，永安等地组织队伍抗日。

9月5日，外交部专员尹明德受重庆军事委员会，十一集团军总司令宋希濂，云贵监察使李根源委托，到达南甸司署宣慰，会见老土司龚绶，新土司龚统政，将委员长所颁电文玉照，及宋总司令，李监察使联衔书赠'为国干城'匾额，并宋总司令赐与手提机关枪一挺，子弹二百粒，一并颁发。

龚绶当面表示:“决心追随抗战，即任何牺牲，亦所不惜“。

于是在9月6日，龚绶向宋希濂，李根源发出输诚通电。

9月1215I，第十一集团军总司令委任龚绶为滇西边区自卫军第二路司令，辖尚自贵，龚统政两个大队。

1944年，滇西反攻，封维德随军推进，到大厂恢复设治局。

9月，梁河设治局成立遮岛第一军民合作站，组织供应军粮。

这一阶段中日矛盾成为中国社会的最主要矛盾，在日本大军入侵，边疆沦陷的特别时期，政务改革已非当务之急。

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因此，民国政府对南甸宣抚司采取了暂停改流，团结抗日的政策。

到了最后的第三阶段，改流再起，不过最后却不了了之了。

的确，在抗战胜利后，民国政府再议改土归流。

像是1945年，梁河司法处在大厂成立，设有院长，检察官，司法兵，开始受理梁河地区的民刑案件，并通知设治局和土司今后不许在受理民刑案件，但没有实效，土司依然受理。

同年，设治局改十九乡镇为四大乡镇，在四大乡镇成立中心小学。

1947年，国民党梁河党部迁入土司署。

1948年，设治局，党部在土司署召开参议会成立大会，多数议员，乡长慑于土司权威，被迫同意龚绶为参议长。

6月，龚统政成立“民众自卫组训总队“，扩大势力范围。

9月2日，土司在司署召开乡镇长，绅士会议，成立改革委员会，选举设治局长，以行使自治权。

9月15日，末任设治局长到局视事。

当时，土司有令，凡县人进出设治局，或给设治局纳粮纳税者，抽筋剥皮。

此时，国民政府大势已去，已无力也无暇采取举措来改变这一状况了。

到最后抗战胜利后，时云南省第六区行政督察专员李国清提出了一个措辞激烈的《废除土司制度意见书》，认为“土司制度本系封建余孽，早应废除“，“土司制度实系国家之毒瘤，割治愈迟，溃伤愈大“，希望“政府当机立断，以一团之众进驻腾龙边区，解除土司武装，实行设立县治“。

云南省政府也曾推出了《云南各设治局改县方案》，准备将梁河盈江两设治局合并改设一县。

但同时又说:“至于土司制度，亦为法制所不许，本应令饬一律废除，惟现值剿匪戡乱时间，地方尚未安定，拟仍采取逐渐改废办法，俟土司出缺，不再准其承袭。”

这个方案道出了云南省政府对待土司的真实趋向。

此时，云南省政府越来越陷入内战的泥淖之中，已经无心也无力推行改流的举措了。

1949年8月，时任滇西军队指挥官余建勋提出了《土司政治制度改革纲要草案》，主张“为适应边地特殊情形，司官制度仍旧保存“，“县局对司署居于监督指导地位，不