子与各皇子的关系已经确定，还有什么可质疑的？”叶向高于是上疏道歉说：“皇父的时候，皇太子的名位虽然还没有确立，但是东宫讲学并没有停止，皇帝父子之间的情意是相通的。现在东宫停止讲学已有八年了，况且太子长时间不能和皇帝见面，而福王一天和皇帝见面两次，所以不能没有怀疑，只有坚决遵守明年春天返回封国的日期，不要拿庄田作为借口，百姓的怀疑才会得到澄清。”神宗只好告诉他福王并没有一天两次见面他的情况。

叶向高有裁决判断能力，善于处理大事，锦衣百户王曰乾是京师的奸人，跟孔学、赵宗舜、赵思圣等人相互攻击告发，刑官还没有来得及审判定罪，王曰乾就进入皇城放炮上疏，刑官大为震惊，要判他死罪。王曰乾于是上疏攻击郑贵妃的内侍姜严山跟孔学以及妖邪的王三诏用巫术诅咒皇太后、皇太子死，拥立福王。神宗感到震惊和愤怒，绕着宫殿走了半天，说：“这种大事变，宰相为什么不说话？”内侍立即跪着呈上叶向高的奏疏，奏疏上说：“这事跟往年的妖书有些类似，然而妖书是匿名的，难以查询，现在原告、被告都在，一经审讯就可以得出实情。陛下应当以不变应万变，若稍有惊慌，那么朝廷内外就会大乱。至于他的言词牵连到贵妃、福王，实在是叫人痛恨之极。我跟九卿的意见是一样的，冒昧地向皇帝报告。”

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神宗读完后叹息说：“我父子兄弟的名誉能够保全了。”叶向高又说：“王曰乾的奏疏不应该下发。如果发表出去，对上会惊动圣母，对下会惊动太子，贵妃、福王都会感到不安。应该扣留在禁中，而另外传令司法部门，追究各奸人的罪责，并且赶快确定明年春天福王回封国的日期，来平息众人的议论，如果这样做，那么天下就会安然无事了。”皇帝完全采纳他的意见，太子、福王得以相安无事，贵妃终究不想让福王回他的封国，说冬天是太后七十大寿，福王应留在京城庆贺。

神宗命令内阁宣布诏书，叶向高扣留皇帝的诏书不宣读，请求今年冬天提前为太后举行寿礼，而让福王如期回封国。神宗派太监到叶向高的私人住处，一定要他宣布诏书，叶向高说：“外廷纷纷传言皇帝想利用贺寿的名义挽留福王，邀请一千多人跪在宫门前请求。现在宣读这道诏书，人心更加怀疑、吃惊，将要相信王曰乾的妖言，朝廷一定不会安宁。圣母听到了，也一定不会快乐的。况且潞王也是圣母的爱子，也居在外地，为什么只对福王那么爱恋呢？”于是，封还了诏书，神宗不得已听从了他，福王这才回到封国。

叶向高曾上疏说：“当今天下酿成危害动乱的根源，大概有几种，但还不包括天灾人祸、寇匪强盗、物怪人妖，朝廷人才匮乏，是第一点；君臣之间闭塞隔阂，是第二点；官员们好胜喜欢争斗，是第三点；对金银财宝等钱财的横征暴敛，必有狂悖的事端出现，是第四点；道德风气一天比一天败坏，没有办法挽救，是第五点。假若陛下不奋然振作，选用一些老成持重的大臣，充实朝廷官署，将多年来废弛的政事一举革新的话，我担心国家的危亡，不在于外敌的侵略，而就在于朝廷内部啊。”言词极其恳切，神宗心知他的忠诚却不肯实行。

当初，叶向高进入内阁，陈奏选用人才、治理财政的计策，极力请求填补空缺的官职，罢免矿税。发现皇帝不能听从他的建议，于是陈奏君臣之间关系紧张的弊病，两次上疏乞求辞职，神宗不答应。叶向高自从成为唯一的宰相，就请求增加阁臣，神宗又不听。等到吏部尚书孙丕扬因为举荐贤能不被任用而请求离职，叶向高特地上疏请求留用他，神宗也不答复，叶向高于是称病不出。神宗多次下诏，才出来管理事务，不久又说：“我多次请求辞职，都承皇上恩典挽留。陛下不应当只关心我一个人的去留，而应当更关心国家的治乱。当今国家到处都是