存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”明熹宗因为熊廷弼力保危城，仍打算以后起用他。

不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，袁应泰自杀，辽河以东全部沦为后金所有。此时，朝廷里大臣们又想起了廷弼，给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一燝。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊，刘一燝说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙熊廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。明熹宗于是对过去弹劾熊廷弼的人加以治罪，冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩各贬三级，除掉了姚宗文的官籍，御史刘廷宣论救，也被罢免。于是，又下达诏书从家里起用熊廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。

熊廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，明熹宗不同意，又提出分三方布置的策略：“广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。”明熹宗都予以批准。熊廷弼启程时，明熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇，又派用五千名京营选锋护送他赴任。

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袁应泰死了，由薛国用代为经略，薛国用因病不能干事，王化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，熊廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了，敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，明熹宗下诏表扬了他。

恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，王化贞的建议就此作罢了，而王化贞因为自己的计策未被采纳，把军事全推托在熊廷弼身上。熊廷弼于是请朝廷警告王化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，王化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快，熊廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此，王化贞与熊廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。

熊廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜，请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。