接到撤退命令以后，山本佑西命人用水泥和混凝土封闭了连接基地与水丰水库大坝的出入口，销毁了基地里所有的研究记录和病毒样本。不过担心回国后军部有可能进行审查盘问，山本佑西还是留下了一小部分已经休眠了的拉弥亚病毒的样本。

但是不知是出于什么考虑，对于那些自己千辛万苦提纯出来的红色苔藓溶液，山本佑西并没有舍得把它们一起销毁，而是装进了一个密封的铝制罐子，为了有适合的温度可以让它长期存活，他还把罐子沉入了坑底泉眼下的温泉水中。

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